大樓的二至四層為中心手術(shù)部。手術(shù)室安裝有影像屏幕，醫(yī)生在手術(shù)過程中可以通過醫(yī)學(xué)影像傳輸系統(tǒng)隨時調(diào)取病人的影像資料，如X光片、CT片、核磁片等，然后通過屏幕觀看。在手術(shù)室里還裝有攝像頭，可以將手術(shù)室的情況傳送給手術(shù)電教系統(tǒng)，用于醫(yī)院教學(xué)。手術(shù)中的醫(yī)生將配備通話器，可以保證手術(shù)室內(nèi)、外的通話。

大樓6至18層為普通護理單元，每層都設(shè)有專門的病人活動區(qū)，放桌椅、電視等。病人可以在此會客、喝茶和看電視。單人、雙人乃至五人間的病室都設(shè)有衛(wèi)生間，而且每兩張病床之間都設(shè)有拉簾，以保護病人隱私。而在19層的特需護理單元，還有由客廳、病房和衛(wèi)生間組成的套房。

與其它醫(yī)院不同的是，病房都是以木色為基本顏色。北醫(yī)三院院長助理王軍介紹，整幢大樓都采用木色家具，是為了讓整個醫(yī)院的色調(diào)比較家庭化，讓病人沒有緊張的感覺。