大樓的二至四層為中心手術(shù)部。手術(shù)室安裝有影像屏幕，醫(yī)生在手術(shù)過(guò)程中可以通過(guò)醫(yī)學(xué)影像傳輸系統(tǒng)隨時(shí)調(diào)取病人的影像資料，如X光片、CT片、核磁片等，然后通過(guò)屏幕觀看。在手術(shù)室里還裝有攝像頭，可以將手術(shù)室的情況傳送給手術(shù)電教系統(tǒng)，用于醫(yī)院教學(xué)。手術(shù)中的醫(yī)生將配備通話器，可以保證手術(shù)室內(nèi)、外的通話。

大樓6至18層為普通護(hù)理單元，每層都設(shè)有專門的病人活動(dòng)區(qū)，放桌椅、電視等。病人可以在此會(huì)客、喝茶和看電視。單人、雙人乃至五人間的病室都設(shè)有衛(wèi)生間，而且每?jī)蓮埐〈仓g都設(shè)有拉簾，以保護(hù)病人隱私。而在19層的特需護(hù)理單元，還有由客廳、病房和衛(wèi)生間組成的套房。

與其它醫(yī)院不同的是，病房都是以木色為基本顏色。北醫(yī)三院院長(zhǎng)助理王軍介紹，整幢大樓都采用木色家具，是為了讓整個(gè)醫(yī)院的色調(diào)比較家庭化，讓病人沒(méi)有緊張的感覺(jué)。